Due sono le probabili origini di spaghetto con l'accezione di paura. La prima si rifà al... latino. Citiamo da Ottorino Pianigiani: «Lo dice il popolo toscano (e romano, ndr) e in questo senso pare altro non essere che il latino pavor, paura; sostituita G a V come nell'antica pagura per pavura-paura e prefissa la S -dis come in spaventare». Da spago, quindi, il diminutivo spaghetto.
L'altra versione, secondo il Deli (Dizionario etimologico della lingua italiana), è «Voce di origine gergale che si rifà alle antiche forme gergali 'filo' (paura), 'filare' (aver paura) (...). Il popolo toscano e romano sostituì 'spago' a 'filo'».
Probabilmente — è una nostra interpretazione personale — si tratta di un caso di irradiazione sinonimica: per il popolo, che non va tanto per il sottile, spago e filo, a prescindere dalla loro diversa etimologia, sono l'uno sinonimo dell'altro.
Occorre sapere, invece, che filo e spago, nell'accezione comune, sono completamente diversi sotto il profilo etimologico.
Filo viene dal latino filum , d'origine indoeuropea, mentre spago deriva sempre dal latino spacum la cui origine, però, è incerta.