Tutti i vocabolari si accapigliano per stabilire il genere di questo sostantivo: chi lo dà tassativamente maschile, chi ammette anche il femminile avvertendo, però, che è di uso non comune (come, per esempio, il DOP, Dizionario di Ortografia e di Pronunzia). Quindi: l'amalgama, gli amalgami; l'amalgama, le amalgame.
Da parte nostra non ci sentiamo di tacciare di ignoranza (come usano alcuni soloni della lingua) coloro che preferiscono la forma femminile, pur sapendo che non è molto comune. Una rapida occhiata a Google libri ci ha sorpreso. La forma femminile plurale prevale su quella, più comune, maschile: 1.270 occorrenze contro 412.

Google Libri - amalgame
Google Libri - gli amalgami

In proposito si legga anche la "nota d'uso" cliccando su: Sapere.it - amalgama

Concludiamo dando la parola al linguista Aldo Gabrielli, che nel suo Si dice o non si dice?", scrive:

«Amalgama è da almeno tre secoli nel nostro lessico, e sul suo significato siamo tutti d'accordo: mescolanza, impasto oppure lega di un metallo col mercurio. Ma per molti rimane incerto il sesso di amalgama, e non ci aiutano gli esempi di scrittori autorevoli: per alcuni è femminile, per altri è maschile. Né ci aiuta dare un'occhiata a quello che succede in Europa: per i francesi è maschio, per gli spagnoli è femmina.
Andiamo all'origine del vocabolo. Amalgama deriva da un latino medievale degli alchimisti amàlgama, di genere neutro, probabile deformazione araba (al-malgan) del greco málagma, mistura, impasto, che discende a sua volta dal verbo malásso, rammollisco (per l'aspetto molle della lega). Secondo altri, invece, il neutro latino sarebbe l'alterazione del sinonimo algama, dall'arabo al-gamâa, che significa riunione. L'oscillazione del genere è dovuta evidentemente alla terminazione -a del vocabolo, propria dei femminili in italiano. Ma l'italiano non manca di nomi in -a di genere maschile: il papa, l'auriga, il profeta, il collega, l'eremita eccetera. Di qui la confusione. Decidiamoci: l'origine del vocabolo è di genere neutro; si sa che il neutro latino sfocia normalmente nel maschile italiano. Facciamolo maschile, e basta alchimie: un perfetto amalgama».