Abbiamo sempre ritenuto che l'uso dell'articolo (maschile o femminile) per quanto attiene alle squadre di calcio fosse regolato dalla ragione sociale delle società calcistiche. Il se la squadra è registrata come circolo sportivo, club (si perdoni il barbarismo) ecc.; la se la denominazione sociale è società, associazione e simili. La spiegazione che dà, invece, il sito della Crusca ci... spiazza:
Il problema, affrontato in modo convincente da Giuseppe Francescato (in "Lingua Nostra", XXXIII, 1972, pp. 132-37), è stato poi ripreso e riassunto con grande chiarezza da Jacqueline Brunet, Grammaire critique de l'italien, 5 [Le genre], Parigi, Université de Paris, VIII-Vincennes, 1982, pp. 80-82.
Quando la squadra porta lo stesso nome della città di appartenenza – o una sua variante, come nel caso del Genoa – il genere maschile serve a distinguerla dal toponimo, che è normalmente femminile (quindi la magnifica Cagliari = la città; il magnifico Cagliari = la squadra).
Il femminile, probabilmente dovuto al sostantivo sottinteso squadra, si adopera con nomi derivati da un aggettivo etnico (la Fiorentina, l'Udinese) e con nomi che non corrispondono a un toponimo (quindi l'Atalanta, la Juventus, la Sampdoria e anche la Lazio, che così si distingue oltretutto dal nome della regione).
La principale eccezione, di fronte a una spiegazione del genere, è la Roma.